标记定量和非标记定量是蛋白质组学中的两种主要的定量策略，用于比较不同样本或处理条件下的蛋白质丰度。
以下是它们之间的主要区别：
1、标记定量：
在样品前处理阶段，使用某种标记技术对蛋白质或蛋白质酶解肽段进行化学标记，这些标记通常具有不同的质量。经过混合后，通过质谱仪分析，可以基于这些质量差异来定量不同样本中的蛋白。
图1. 使用10plex TMT进行相对定量的流程（Zhang et al.,2017）
2、非标记定量：
不使用任何化学标记，而是通过多次重复实验，对同一蛋白在不同样本中的信号强度（如肽段的峰面积或峰高）进行比较来实现定量。
图2. Label Free定量蛋白组学的流程
标记定量方法在样品前处理阶段使用某种标记技术对蛋白质或蛋白质酶解肽段进行化学标记，如ICAT、iTRAQ或TMT。这些标记通常具有不同的质量，使得经过混合后的样品可以通过质谱仪的质量差异来进行定量。这种方法的优势是可以在质谱分析之前混合样本，从而减少由于实验操作或机器分析带来的变异，但缺点是需要额外的步骤进行标记，可能增加实验成本和复杂性。
另一方面，非标记定量方法不使用任何化学标记，而是通过比较同一蛋白在不同样本中的信号强度，如肽段的峰面积或峰高，来实现定量。这种方法在操作上更为简单，不需要额外的标记步骤，从而降低了成本。但为了确保实验间的可比性，它需要更严格的样品处理和质谱分析条件。
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